自西元20XX年,人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后,便开始对它举行研究,厥后有人重修出来所谓的“神之语言”,并创建电脑程式以启动原始索哈尔,举行和上位范畴的U-DO(上位范畴当中的赤色颠簸存在)连结的连坚固验,但很不幸地,从上位范畴流入下位范畴的能量造成了事象变移,使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)险些完从从宇宙中“消散”,人类因而被迫避难,离开地球。到了四千年多后,在故事开始前十五的T.C.4753年,米尔奇亚行星(Miltia)发作了所谓的米尔奇亚辩论变乱,在此次变乱当中,米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击,并在辩论变乱后消散,但变乱的原形却由于米尔奇亚的消散而不为人知。在变乱后,启动原始索哈尔(厥后人类制造出了十二具索哈尔模仿体,因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之语言、原始索哈尔的研究结果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物,都被封存在Y资料当中,而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内,然而这么做却引起了各方权势对M.O.M.O.的夺取,因此星团联邦当局(游戏中统治各行星的当局,英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg),以掩护M.O.M.O.的安全。另一方面,在米尔奇亚辩论变乱竣过后的十几年,也就是约莫在游戏EPI开始的时间,当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯扰乱的名义,举行对格诺西斯用战斗武器KOS-MOS的开辟筹划,但和当时多利用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的环境所差别的是,KOS-MOS是个纯粹的机器成品。另一方面,在EPI开始时,参加KOS-MOS开辟筹划的贝克达公司第一开辟局研究职员卯月紫苑,正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船举行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击,而KOS-MOS也在此时忽然启动,卯月紫苑因而被卷入连续串和格诺西斯及索哈尔有关的诡计,以及会改变人类运气的变乱当中……
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