在第二次新吉恩战役、别名“夏亚的兵变”闭幕后,地球圈取得了短暂的寂静。这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上举行了一项机密会商。内容为--被以为是地球联邦当局暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了克制新的战役发作,必须构造“拉普拉斯之箱”的买卖业务。巴纳吉在数次资助奥黛丽之后,渐渐被她所吸引。随后,地球联邦察觉了这起买卖业务,并举行军事参与,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和搭档一边遁迹一边探求着奥黛丽,而出如今他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。岌岌可危的卡迪阿斯将出生的机密告诉了巴纳吉,而且将箱之钥匙--“机动兵士高达独角兽”托付给他。随后,一场围绕“拉普拉斯之箱”的战役开始了……
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