一艘巨大的外星无人探测器向地球航来,它不绝地发出奇特的电波信号:功率强大的信号煮沸了海水,干扰了附近的星舰并造成了广泛的粉碎。此时,詹姆斯·柯克中将与他的海员们在完成了让斯波克上校复活的任务后,驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰(被改名为“赏金号”)从瓦肯星返航,只管他们已经知道了将面对军事法庭的控告:他们被控告偷窃了联邦星舰进取号,并对她的粉碎负有责任。在此关头,尚在规复中的斯波克发现这艘外星探测器正实行与地球上的座头鲸创建接洽;但不幸的是,早在3个世纪前座头鲸就因太过的捕猎而灭尽了。柯克下令“赏金号”进入引力弹射状态,利用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市,海员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。以后,他们开始探求能与外星探测器沟通的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器,以及能让猛禽舰规复能源供应的物质——在星舰穿越时空的旅途中能源险些被耗尽。柯克与斯波克终极得到了一位鲸类专家吉莉安·泰勒博士的帮忙,她在索萨利托市鲸鱼协会照料两端座头鲸。在履历了很多的困难后——包罗让泰勒信托他们简直来自将来——进取号的海员们乐成地营救了两端座头鲸,并将它们带到将来,及时地救济了地球。然后海员们被带到了联邦委员会的面前,担当浩繁的控告。没有被作为被告的斯波克也与其他海员们站在了一起。末了,鉴于他们新近的英勇表现,除了对柯克中将的控告外,针对别的被告的全部控告都被取消。柯克以作为一名上级军官却违背下令的恶行被判有罪,并象征性地被降职为上校以示惩戒;但作为对他英勇举动的表扬,他被任命为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号海员一同来到23世纪的泰勒博士,决定参加星际舰队并成为一名科学官。作为情节框架的支线剧情,显现了斯波克渐渐地规复了他的影象、他此前得到并担当的人类传统,以及他对本身感情的承认。在影片开始时,他不明白母亲扣问他的“感觉”有何意义;但到末了,他已能充足意识到“感觉”对人类的紧张性,并托父亲告诉母亲,他“感觉精良”。
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