哥斯拉掉入三原山之后,日本过了5年安全的日子,但是自卫队为了以防万一,筹划以哥斯拉的细胞为因素制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB),以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超等武器"Super_X"改造成为"Super X2",此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动,使得日本关东地区地动不绝,而且使得白神博士将本身女儿细胞跟玫瑰细胞肴杂的植物殒命,于是白神博士便参加ANB筹划,同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞肴杂的植物连合制造了不死植物碧奥兰蒂,但是在一次的变乱当中碧奥兰蒂被开释出来而且在芦之湖巨大化。此时三原山爆炸,哥斯拉再度出现,自卫队无法拦截哥斯拉 往东京方向移动,厥后出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向,但是在哥斯拉不停止的攻击之下"Super X2也败下阵来,但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的地点地移动.....
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